1.芽枯 病症状是花芽长到一两厘米时颜色转为淡绿色，同时花梗缩短，随后脱落。花芽干缩整个生长期都会发生，芽转为白色后干枯，脱落或缩存。芽枯病是由于根系发育受损，植株又得不到充足的光照，芽内雄蕊产生乙烯引起芽败育，或者上温过低，遇到高温使植株顶端水分不足造成芽枯。东方百合杂种系受害较严重。
防法方法：科学的栽培管理确保根系良好发育；改善光照条件，增补光照。
2.花裂 在麝香百合切花生产中常有发现，特别在棚内温度变化大、干湿悬殊时，患病植株表现为花瓣分离开裂。花蕾形成后要特别注意棚内温度和湿度的调控，保持较稳定的状态，可以减少或克服花裂现象。
3.霜害 露地栽培或冬季棚室栽培时，由于管理不善，茎叶遭受轻霜或低温危害，产生叶片虚肿和因生长点死亡而使植株停止生长的现象。因此，寒冷地区栽培百合时要注意防止秋冬早霜和春季晚霜。大棚栽培时，冬季要注意覆盖保温层，防止百合幼芽受冻。
4.落蕾 落蕾又称盲花，是由于生长环境条件不好、光照不足引起的花蕾发育不良而干缩脱落现象。亚洲百合杂种系对落蕾最敏感，麝香百合杂种系次之，东方百合杂种系最不敏感。
防治方法：除改善水肥环境条件外，补充光照也是较有效的方法。不要将亚洲百合杂种系种植在光照条件差的环境下，冬季必须保证充足的光照。从第一个花蕾发育开始，每天从夜晚8时至早晨4时，补光8小时，连续补光5周，对防止百合落蕾、提早开花和提高品质等都有明显效果。
